电泳槽是凝胶电泳系统的核心部分，其系统的迅猛发展主要也是体现在电泳槽上。根据电泳的原理，凝胶都是放在两个缓冲腔之间，电场通过凝胶连接两个缓冲腔。缓冲液和凝胶之间的接触可以是直接的液体接触，也可以间接通过凝胶条或滤纸条。管状凝胶电泳和垂直板状电泳大多采取直接液体接触方式。这种方式可以有效地使用电场，但在装置设计上有一些困难，如液体泄漏，电安全和操作麻烦等问题。水平板状电泳槽大多通过间接方式，用滤纸桥搭接
以及最近使用缓冲液制作的凝胶条和滤纸条搭接，即半干技术，后种方式使装置简化，操作也大大方便。
电泳槽配置
槽体采用PVC塑料或PP纯塑板槽。电泳槽体应由二部分组成；主槽（工作槽），溢流槽（加料槽），另外应配备循环过滤系统级加热，冷却及温控系统，溢流槽的宽度约为主槽的1/6，便于安装加热，冷却管。为了防止涂料沉淀，电泳主槽底部采用斜面设计，电泳主槽的宽度=2*（100-300）+零件的宽度+极板与槽壁的距离。
*2（100-200）——表示两边电泳板与零件的最小距离为100-200，对于大平面零件，应大于200mm；电泳槽长度=挂具加零件的总宽度+（50至100mm）*2+溢流槽宽度；（50至100）—表示零件距离底壁50-100mm