三格式化粪池厕所结构主要由便池蹲位(或坐便器)、过粪管和贮粪池组成。
1、贮粪池
贮粪池由二根过粪管连通的三个格室的密封池组成。根据其主要功能依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。三池之间由过粪管连接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管为首选。过粪管采用内径为100~150mmPVC塑料管为宜，也可以用水泥预制、陶管等其它材料、要求内壁光滑。为防止堵塞，考虑粪池的大小与流量，可适当增加过粪管的数量。
2、便器、盖板、清渣口、出粪口
便器一般可采用节水型便器。可以是坐便器也可以是蹲便器。第一格化粪池盖顶留有进粪口和清渣口，进粪口上安装便器，进粪管可采用内径为150mm的PVC塑料或其它管材，要尽量远离过粪口，并紧贴池壁，以减少水冲力对池内的扰动。在安装便器时可不用水泥固定死，进粪口也可作为清渣口。用防溅式直通便器和水封便器则不必下接进粪管第二池顶应密封，但也要留有清渣口，第三池盖顶留有出粪口，出粪口用盖密封。
3、其它配套物品
洁净卫生纸存放箱，便纸篓、扫帚及刷子，盛水器皿、照明设施、通风设备等。
1、第一、二池的有效容积
应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求第一、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以第一、二池容积的最低计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于第一和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
2、三格的比例
第一池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果第一池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2:1:3，第一池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，最多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上:其中第一池到第二池过粪管下端位置在第一池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右:第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。附有关平面图。