紫外线杀菌器采用国际先进的紫外线消毒技术，利用紫外线C波段发出的253.7nm光波对水或空气中各种细菌病毒的瞬时间照射，穿透微生物的细胞膜和细胞核，破坏核酸的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而达到快速杀灭水或空气中所有的细菌病毒。
利用紫外线的强力辐射作用破坏水中细菌、病毒、水生藻类的细胞组织而将其杀灭。防止养殖鱼类疫情产生或景观水出现浑浊。同时紫外线能分解臭氧，是养殖或景观水处理中不可或缺的设备。
在水产养殖和观赏鱼养殖领域，利用紫外线杀菌得到了越来越广泛的应用。
在水产、水族养殖领域，通常会遇到两个问题：水中水藻的繁殖和鱼类疾病。绝大多数的水藻及引起鱼类疾病的细菌病毒在强紫外线照射下数秒内即可死亡解体，所以这两个问题都可以通过紫外线杀菌方法得到妥善解决。
经过紫外线杀菌净化过的水池，99%以上的细菌病毒会被杀死，因此鱼类会很少生病，进而提高养殖产量，对观赏鱼来说洁净无菌的水会使鱼体更加色彩鲜艳。
在太阳光或人工光源的照射下，水中藻类如蓝绿藻会大量繁殖，藻类消耗水中氧气养分，进而影响水族的正常生长，紫外线可以解决这个问题。让养殖水反复循环通过一个装有紫外线灯的封闭杀菌器中，水中藻类在强UVC紫外线辐射下会解体死亡，重组为大的分子链，最终可以被过滤系统过滤。在这个反应过程中，水的流速和杀菌灯的功率选择很重要，在夏天温度高，藻类繁殖快速，水的流速不宜太快，紫外线灯功率要适当高一些，冬天反之。
除了水藻问题，在水产水族养殖业，鱼类病也是经常要面对的问题。紫外线对杀灭引起鱼类病的水中细菌十分有效，比如白斑病菌，在紫外线照射下三秒中可以杀死。特别有时候，池塘要新加进去一些鱼，这些新鱼很可能带进鱼塘新的病菌，或者鱼塘要换水，新水中也有可能有病菌，这些情况都要由紫外线系统对水体杀菌。