一、化粪池厕所的结构
化粪池厕所是将粪便的收集、无害化处理在同一流程中进行。其效果取决于尽量不让鲜粪及粪渣进入第二、三池。粪便经化粪池储存、沉淀发酵，能较好地起到杀灭虫卵及细菌的作用。
二、三格化粪池厕所的启动与管理
1、启动
新池建成需养护两周后正式启用，在启用前要作试水试验：先在一池、二池、三池分别加满水，观察24～48小时内液面下降情况。液面下降在1cm左右为不渗漏；超过2cm，表明有渗漏。查出原因后，及时修复。水位有上升的趋势，系因地下水位高，地下水渗进池中，应加厚池内壁。经证明无渗漏，再在第一格池内注入100～200kg河塘水或井水，水深以高出连通管下端口为宜，并引入厌氧菌种后(见沼气池厕所)启用。
2、管理
这是促使粪便由第一格顺利流向第三格，提高粪便无害化处理效果和安全的重要一环。
(1) 控制用水量。三格化粪池，特别是小三格化粪池容积有限，是以单纯粪便量为计算依据。大量水进入，使粪便稀释不能达到预定的停留时间，不利于充分厌免消化。因此小三格厕所只能用少量水刷洗；中三格厕所用水量也要控制在每人每天3-4升左右。
(2)正确选用便器。如建小三格厕所，便器可选用漏斗形便器；富裕的农户在厕室内建卫生间，配用中三格式厕所，应选用节水型坐便器；如三格化粪池容积小于2m3，则不应安装使用市售水封便器。如安装市售水封便器，每人每天冲水量应不超过2次。
(3)在第一池内取出的粪渣须经堆肥或化学法处理后再作肥料，第三池取出的粪水可用作肥料。
(4)化粪池第一、三池上的盖板平时要盖严，防止意外。在清渣或取粪水时，不得在池边点灯、吸烟等，以防粪便发酵产生的沼气遇火爆炸。
3、池渣处理
人群粪便中含有大量的致病细菌、病毒和寄生虫卵等。粪便污染水源、土壤、蔬菜瓜果及人的衣服、手、经口或皮肤可能传染霍乱、伤寒、肝炎、菌痢等急、慢性肠道传染病和血吸虫、蛔虫、囊虫等寄生虫病，重者致残或失去生活能力，甚至死亡。这种因病致贫，因病返贫的事例已屡见不鲜。"粪便无害化处理"是指从各种厕所清掏的粪便，在用作肥料前都应采用的有效的处理方法，包括物理、生物或化学方法将粪便内的致病菌、病毒和寄生虫卵杀灭，使其达到基本无害化的过程。物理和生物的方法是将粪便密封贮存一定时间，在厌氧和一定温度(可人工加温)的条件下，粪便内的细菌，能将粪便充分腐败酵解，放出大量的氨和沼气，改变PH值；或者通过堆肥自然发酵升温。改变粪便内致病菌、病毒和寄生虫卵的生存条件。从而导致死亡、使粪便变得基本无害。上述过程安排在厕所设施内进行，则最为合理方便和有效。化学方法是通过直接投药杀死病菌和虫卵。