酱油废水的主要成分包括粮食残留物、发酵过程产物、酱油色素、微量洗涤剂、消毒剂、大量的盐分、各种微生物及微生物的分泌物和代谢产物。废水具有较高的BOD，COD，SS和色度，废水BOD5／COD大于0。5，易于生物降解。
酱油工业废水处理方法按照作用原理可以分为物理法、化学法和生物化学法3大类。
(1)物理法
酱油工业废水处理的物理方法有筛滤、撇除、调节、沉淀、气浮、离心分离、过滤、微滤等。前5种工艺主要用于预处理或一级处理，后3种工艺用于深度处理。筛滤是预处理中使用广泛的一种方法，从废水中分离出颗径较大的分散性悬浮固体；撇除法可以消除油脂对工艺设备的腐蚀和出水水质影响，有利于对油脂的回收，酱油工业废水水质水量变化幅度很大，利用调节池可以调节其变化幅度；沉淀用于废水中无机固体物和有机固体物，分离生物处理中的固相和液相；气浮法用于去除酱油废水中的乳化油、一些活性物质和其它悬浮物。如果要对废水进行深度处理，可以应用这3种工艺。物理法处理成本低，但是无法单独使出水水质达到要求，只能作为辅助工艺。
(2)化学法
中和法、氧化还原法、混凝法、离子交换法、膜分离法都属于化学处理法。在酱油工业废水处理中主要应用混凝法，要与物理法中的沉淀法、气浮法结合使用构成混凝沉淀、混凝气浮。化学处理工艺主要用于去除水中的细微悬浮物和胶体杂质。化学法处理效果好，但是成本高，企业难以承受，废水处理率降低，所添加的化学药剂会形成新的污染，不利于广泛推广。
(3)生物化学法
酱油废水生物处理技术是利用水中微生物的代谢特性，对酱油废水中有机污染物进行分解。生物处理工艺可分为好氧工艺、厌氧工艺、稳定塘、土地处理，以及上述工艺结合形成的各种工艺组合。酱油工业废水是高浓度有机废水，利用生化法做为二级处理，主要降解COD和BOD5。生化法具有成本低、处理效果好、抗冲击负荷能力强、处理水量大的优点。