酱油生产废水属于比较难处理的工业废水。虽然其BOD5/COD 值一般大于0．4，可生化性好，但由于含有大量难降解有机物，色度的生物降解性差，盐度高以及污染物负荷变化较大，传统活性污泥法对该废水的处理效果较差。采用MBR 工艺处理该类废水，可以利用膜的截留作用保持反应器内较高的污泥浓度及较强的抗冲击能力，避免传统活性污泥法处理酱油废水时色度与COD 去除不同步的现象，而且可以减少剩余污泥产量。
由于目前国内酱油企业规模小、地区分散，沿用传统工艺居多，机械化程度低，导致酱油酿造企业对酱油废水的处理率较低，酱油废水的处理技术仍然较落后。在我国应用和研究较多的典型工艺有以下几种。
(1)A/O法
重庆酱油厂采用的是A/O法处理工艺。酱油废水先经过厌氧酸化，将大分子物质降解为小分子物质，有利于下一步好氧工艺，经过好氧工艺处理的废水经煤渣等吸附去除色度。
(2)厌氧酸化一吹脱一活性污泥工艺
酱油废水经过厌氧酸化，将大分子物质降解为小分子物质，产生大量有机酸，经过吹脱去除，要比生物处理更有效、更经济，实验证明，吹脱是COD去除的有效手段，废水再经过下一步工艺处理排放。
(3)烟气吸附一絮凝沉淀治理工艺
酱油废水用于燃煤锅炉烟气除尘，锅炉烟气不仅可以达到除尘目的，而且，酱油色度、杂质同时去除，另外，自身亦得到净化，可以取得以废治废的效果。此外，还有资料报道，日本曾采用生物转盘法处理酱油废水，效果较好，但不适合处理含有大量难降解有机物的废水，应用上有局限。另外，还有厌氧一吹脱一好氧一吸附工艺J、厌氧一接触氧化工艺?、二级厌氧一SBR工艺、水解酸化一二级SBR一气浮工艺、水解 射流曝气 煤渣吸附工艺处理等。